seqenv package

Subpackages

• seqenv.common package
  • Submodules
  • seqenv.common.autopaths module
  • seqenv.common.cache module
  • seqenv.common.color module
  • seqenv.common.database module
  • seqenv.common.git module
  • seqenv.common.timer module
  • seqenv.common.tmpstuff module
  • Module contents
• seqenv.fasta package
  • Submodules
  • seqenv.fasta.splitable module
  • Module contents
• seqenv.seqsearch package
  • Submodules
  • seqenv.seqsearch.blast module
  • seqenv.seqsearch.parallel module
  • seqenv.seqsearch.vsearch module
  • Module contents

Submodules

seqenv.analysis module

class seqenv.analysis.Analysis(input_file, seq_type='nucl', search_algo='blast', search_db='nt', normalization='ui', proportional=True, backtracking=False, num_threads=None, out_dir=None, min_identity=0.97, e_value=0.0001, max_targets=10, min_coverage=0.97, abundances=None, N=None)

Bases: object

The main object. The only mandatory argument is the input fasta file path. The text below is somewhat redundant with what is in the README file and also the text in the command line script.

• ‘seq_type’: Either nucl or prot. Defaults to nucl.

• search_algo: Either ‘blast’ or ‘usearch’. Defaults to blast.

• search_db: The path to the database to search against. Defaults to nt.

• normalization: Can be either of flat, ui or upui. This option defaults to ui.

  • If you choose flat, we will count every isolation source independently, even if the same text appears several times for the same input sequence.
  • If you choose ui, standing for unique isolation, we will count every identical isolation source only once within the same input sequence.
  • If you choose upui, standing for unique isolation and unique pubmed-ID, we will uniquify the counts based on the text entry of the isolation sources as well as on the pubmed identifiers from which the GI obtained.

• relative: Should we divide the counts of every input sequence by the

  number of envo terms that were associated to it. Defaults to True.

• proportional: Should we divide the counts of every input sequence by the

  number of envo terms that were associated to it. Defaults to True.

• backtracking: For every term identified by the tagger, we will propagate

  frequency counts up the acyclic directed graph described by the ontology. Defaults to False.

• num_threads: The number of threads. Default to the number of cores on the

  current machine.

• out_dir: Place all the outputs in the specified directory.

  Defaults to the input file’s directory.

• Sequence similarity search filtering options:

  • min_identity: Defaults to 0.97
  • e_value: Defaults to 0.0001
  • max_targets: Defaults to 10
  • min_coverage: Defaults to 0.97

• abundances: If you have sample information, then you can provide the

  ‘abundances’ argument too. It should be a TSV file with OTUs as rows and sample names as columns.

• N: Use only the top N sequences in terms of their abundance, discard

  the rest. Only valid if abundances are provided.

child_to_parents = defaultdict(<type 'list'>, {'ENVO:01000086': ['ENVO:00002297', 'ENVO:01000031', 'ENVO:01000044', 'ENVO:01000071', 'ENVO:root'], 'ENVO:01000087': ['ENVO:00002297', 'ENVO:01000031', 'ENVO:01000044', 'ENVO:01000071', 'ENVO:root'], 'ENVO:01000084': ['ENVO:00002297', 'ENVO:01000031', 'ENVO:01000044', 'ENVO:01000071', 'ENVO:root'], 'ENVO:01000085': ['ENVO:00002297', 'ENVO:01000031', 'ENVO:01000044', 'ENVO:01000071', 'ENVO:root'], 'ENVO:01000082': ['ENVO:00002007', 'ENVO:00010483', 'ENVO:root'], 'ENVO:01000083': ['ENVO:00002297', 'ENVO:01000031', 'ENVO:01000044', 'ENVO:root'], 'ENVO:01000080': ['ENVO:00002297', 'ENVO:01000031', 'ENVO:01000044', 'ENVO:root'], 'ENVO:01000081': ['ENVO:00002297', 'ENVO:01000031', 'ENVO:01000044', 'ENVO:root'], 'ENVO:01000088': ['ENVO:00002297', 'ENVO:01000031', 'ENVO:01000044', 'ENVO:01000071', 'ENVO:root'], 'ENVO:01000089': ['ENVO:00002297', 'ENVO:01000031', 'ENVO:01000044', 'ENVO:01000071', 'ENVO:root'], 'ENVO:00000010': ['ENVO:00000000', 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'alkaline flat', 2170: 'compost', 197: 'endorheic lake', 198: 'subglacial lake', 199: 'meromictic lake', 2000044: 'siliceous ooze', 2000045: 'red clay', 2000046: 'calcareous ooze', 2000047: 'animal feed', 2000048: 'contaminated animal feed', 2000049: 'coastal water body', 2000051: 'ENVO:02000051', 2000052: 'umbrella', 4638: 'sawmill', 2000054: 'bone meal', 2000055: 'plant feed', 2000058: 'cloth', 2000059: 'surface soil', 10442: 'midden', 2000062: 'ENVO:02000062', 86: 'plain', 2251: 'planosol', 2122: 'arsenic-rich mud', 2252: 'solonchak', 2000075: 'ENVO:02000075', 109: 'woodland', 2000081: 'letter', 547: 'waterhole', 2000084: 'goat manure', 206: 'neritic zone', 2255: 'solonetz', 2204: 'anthropogenic contamination feature', 208: 'pelagic zone', 2054: 'chalkic', 209: 'photic zone', 210: 'aphotic zone', 2156: 'Superfund site', 211: 'bathypelagic zone', 212: 'abyssalpelagic zone', 3323: 'tannery', 213: 'mesopelagic zone', 214: 'hadalpelagic zone', 215: 'hydrothermal vent', 895: 'ENVO:00000895', 216: 'fumarole', 2265: 'agricultural waste', 559: 'weapons test site', 2266: 'chicken breeding waste', 7: 'third-order administrative region', 2267: 'industrial waste', 112: 'tundra', 2269: 'thermocline', 222: 'oceanic island', 223: 'continental shelf', 565: 'sports facility', 224: 'slightly stratified estuary', 225: 'highly stratified estuary', 226: 'saline wedge estuary', 227: 'vertically mixed estuary', 228: 'inverse estuary', 2123: 'bioreactor', 229: 'intermittent estuary', 230: 'coastal wetland', 200: 'periglacial lake', 409: 'whirlpool', 115: 'orchard', 10004: 'ENVO:0010004', 405: 'ENVO:00000405', 1000137: 'organic matter fall', 1000007: 'microbial feature', 10483: 'environmental material', 280: 'escarpment', 245: 'maar', 9686: 'ice rise', 2297: 'environmental feature', 118: 'coconut plantation', 70: 'constructed feature', 391: 'land bridge', 1000139: 'animal matter fall', 2124: 'anaerobic bioreactor', 11764: 'ocean time series station', 10621: 'medical instrument', 9725: 'ice piedmont', 9726: 'strand crack', 55: 'saline evaporation pond', 257: 'flood fringe', 120: 'oil palm plantation', 2991: 'ENVO:00002991', 2138: 'beach sand', 263: 'fissure cave', 3015: 'ENVO:00003015', 264: 'seamount', 10505: 'aerosol', 10506: 'emulsion', 2997: 'ENVO:00002997', 2168: 'gold mine', 3003: 'ENVO:00003003', 5738: 'foam', 5739: 'sea foam', 5740: 'paddy field soil', 5741: 'alpine soil', 5742: 'arable soil', 5743: 'roadside soil', 5744: 'allotment garden soil', 5745: 'allotment garden', 5746: 'savanna soil', 5747: 'compost soil', 5748: 'dry soil', 5749: 'farm soil', 5750: 'grassland soil', 5751: 'jungle soil', 2: 'anthropogenic feature', 5753: 'urea enriched soil', 5754: 'fertilized soil', 5755: 'field soil', 5756: 'lawn soil', 5757: 'bacteria enriched soil', 5758: 'alluvial swamp soil', 5759: 'alluvial paddy field soil', 5760: 'burned soil', 5761: 'meadow soil', 5762: 'chloropicrin enriched soil', 5763: 'humus-rich acidic ash soil', 5764: 'pond soil', 5765: 'frozen compost soil', 5766: 'limed soil', 5767: 'manured soil', 5768: 'orchid soil', 5769: 'mountain forest soil', 5770: 'beech forest soil', 5771: 'muddy soil', 5772: 'orchard soil', 5773: 'pasture soil', 5774: 'peat soil', 5775: 'salt contaminated soil', 5776: 'peaty paddy field soil', 5777: 'steppe soil', 5778: 'tropical soil', 5779: 'vegetable garden soil', 5780: 'greenhouse soil', 5781: 'heat stressed soil', 5782: 'ornithogenic soil', 5783: 'leafy wood soil', 5784: 'spruce forest soil', 5785: 'volcanic soil', 5786: 'upland soil', 5787: 'eucalyptus forest soil', 5788: 'rubber plantation soil', 5789: 'blue-grass field soil', 5790: 'red soil', 5792: 'underground water', 5793: 'muddy water', 5794: 'water scum', 5796: 'marine sludge', 5797: 'lake bottom mud', 5798: 'acid dune sand', 5799: 'rocky sand', 5800: 'desert sand', 5801: 'rhizosphere', 5802: 'bulk soil', 5803: 'animal habitation', 5804: 'nest of ant', 5805: 'nest of bird', 5806: 'ENVO:00005806', 2171: 'hay compost', 3017: 'ENVO:00003017', 875: 'ENVO:00000875', 3019: 'ENVO:00003019', 3021: 'ENVO:00003021', 5752: 'sawah soil', 3967: 'creamery', 2169: 'coal mine', 10001: 'anthropogenic environmental material', 3859: 'horse manure', 3860: 'pig manure', 3861: 'industrial building', 3862: 'dairy', 3863: 'food processing factory', 3864: 'bakery', 2010: 'saline water', 10015: 'ENVO:0010015', 2011: 'fresh water', 3884: 'farmyard manure', 3885: 'brewery', 505: 'underground irrigation canal', 3893: 'cosmetic product', 3894: 'face cream product', 3895: 'paper product', 3896: 'currency note', 3900: 'rye grass silage', 2058: 'secondary sludge', 3903: 'aviation fuel', 5: 'first-order administrative region', 3908: 'poultry deep litter', 130: 'reef', 3911: 'sake brewery', 3914: 'chalk soil', 3919: 'research station', 3927: 'stable manure', 3930: 'scum', 3045: 'bacon curing brine', 67: 'cave', 2450: 'ocean basin', 136: 'demilitiarized zone', 3963: 'warehouse', 3964: 'tobacco warehouse', 3965: 'anaerobic digester sludge', 1000085: 'plume front', 3968: 'air filter', 64: 'road', 3978: 'potato silage', 2154: 'radioactive sediment', 3982: 'travertine', 883: 'ENVO:00000883', 1000091: 'topographic upwelling front', 439: 'dell', 87: 'cliff', 10161: 'ENVO:0010161', 10162: 'dry stream valley', 10163: 'dry river valley', 66: 'man-made tunnel', 1000155: 'organic material', 1995: 'rock', 1996: 'mine drainage', 1997: 'acid mine drainage', 1998: 'soil', 1999: 'marine water body', 2000: 'slope', 2001: 'waste water', 2002: 'food product', 2059: 'biosolids', 2004: 'mesoscopic physical object', 2005: 'air', 2006: 'water', 2007: 'sediment', 2008: 'dust', 2009: 'terrestrial habitat', 2249: 'phaeozem', 2250: 'plinthosol', 2012: 'hypersaline water', 2013: 'igneous rock', 2014: 'plutonic rock', 2015: 'volcanic rock', 2016: 'sedimentary rock', 2017: 'metamorphic rock', 2018: 'sewage', 2019: 'brackish water', 2020: 'extreme habitat', 2021: 'acid habitat', 2022: 'alkaline habitat', 2023: 'high pressure habitat', 2024: 'haline habitat', 2025: 'high temperature habitat', 2026: 'cold temperature habitat', 2027: 'extreme high temperature habitat', 2028: 'high osmolarity habitat', 2029: 'extraterrestial habitat', 2031: 'anthropogenic habitat', 2033: 'carcass', 2034: 'biofilm', 2035: 'meteorite', 2036: 'habitat', 2037: 'freshwater habitat', 2038: 'ENVO:00002038', 2039: 'ENVO:00002039', 2040: 'wood', 2041: 'ground water', 2042: 'surface water', 2043: 'wastewater treatment plant', 2044: 'sludge', 2045: 'anaerobic sediment', 2046: 'activated sludge'}

db

The sqlite3 database containing every GI number in all NCBI that has an isolation source associated to it. In addition, the pubmed-ID is listed too if there is one. If we don’t have it locally already, we will go download it. Thus, the database containing two tables:

CREATE TABLE “gi”

(

“id” INTEGER PRIMARY KEY NOT NULL, “isokey” INTEGER NOT NULL REFERENCES “isolation”(“id”), “pubmed” INTEGER

);

CREATE TABLE “isolation”

(

“id” INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL, “source” TEXT NOT NULL, “envos” BLOB NOT NULL <- marshaled tuple of ints

);

CREATE VIEW “data” AS SELECT gi.id, (->source), gi.pubmed, (->envos) from “gi”; CREATE INDEX “gi_index” on “gi” (id); CREATE INDEX “isolation_index” on “isolation” (source);

df_abundances

A pandas DataFrame object containing the abundance counts with OTUs as rows and sample names as columns.

filtering

Return a dictionary with the filtering options for the sequence similarity search.

gis_with_envo

A set containing every GI that was found and that had some envo numbers associated.

only_top_sequences

Make a new fasta file where only the top N sequences are included (in terms of their abundance). Skipped if no abundance info is given.

orig_names_to_renamed

A dictionary linking every sequence’s name in the input FASTA to a new name following the scheme “C1”, “C2”, “C3” etc.

renamed_fasta

Make a new fasta file where every name in the input FASTA file is replaced with “C1”, “C2”, “C3” etc. Returns this new FASTA file.

renamed_to_orig

The opposite of the above dictionary

run()

A method to run the whole pipeline. As everything is coded in a functional style, we just need to make a call to outputs.make_all and everything will be generated automatically, in a reverse fashion.

search

The similarity search object with all the relevant parameters.

search_results

For every sequence, search against a database and return the best hits after filtering.

seq_to_counts

A dictionary linking every input sequence to its summed normalized concept counts dict, provided the input sequence had some hits, and at least one hit had some envo number associated. Otherwise it is absent. NB: What we want to account for is the fact that two GIs originating from the same sequence could be pointing to the same isolation source. In such case, we shall count the envo numbers from that isolation source only once. We can also avoid counting two GIs that are coming from the same study, if a pubmed number is available.

seq_to_gis

A dictionary linking every input sequence to a list of gi identifiers found that are relating to it. If a sequence had no hits it links to an empty list. NB: You will get a KeyError if there are sequences in the search result files that are not present in the inputed fasta.

serial_to_concept = {'1007000113': 'ENVO:00000112', '1007000114': 'ENVO:00000113', '1007000115': 'ENVO:00000114', '1007000116': 'ENVO:00000115', '1007000117': 'ENVO:00000116', '1007000293': 'ENVO:00000292', '1007000292': 'ENVO:00000291', '1007000835': 'ENVO:00002450', '1007000290': 'ENVO:00000289', '1007000297': 'ENVO:00000296', '1007001172': 'ENVO:0010050', '1007000832': 'ENVO:00002276', '1007000295': 'ENVO:00000294', '1007000294': 'ENVO:00000293', '1007000936': 'ENVO:00003077', '1007000937': 'ENVO:00003078', '1007000934': 'ENVO:00003075', '1007000935': 'ENVO:00003076', '1007000932': 'ENVO:00003073', '1007000933': 'ENVO:00003074', '1007000839': 'ENVO:00002872', '1007001345': 'ENVO:01000052', '1007001027': 'ENVO:00003980', '1007001026': 'ENVO:00003979', '1007001025': 'ENVO:00003978', '1007001024': 'ENVO:00003977', '1007001023': 'ENVO:00003976', '1007001022': 'ENVO:00003975', '1007001021': 'ENVO:00003973', '1007001020': 'ENVO:00003972', '1007001029': 'ENVO:00004638', '1007001028': 'ENVO:00003982', '1007001119': 'ENVO:00011764', '1007001118': 'ENVO:00010625', '1007001113': 'ENVO:00010506', '1007001112': 'ENVO:00010505', '1007001111': 'ENVO:00010504', '1007001110': 'ENVO:00010483', '1007001117': 'ENVO:00010624', '1007001116': 'ENVO:00010623', '1007001115': 'ENVO:00010622', '1007001114': 'ENVO:00010621', '1007000374': 'ENVO:00000373', '1007000375': 'ENVO:00000374', '1007000376': 'ENVO:00000375', '1007000377': 'ENVO:00000376', '1007000370': 'ENVO:00000369', '1007000371': 'ENVO:00000370', '1007000372': 'ENVO:00000371', '1007000373': 'ENVO:00000372', '1007001207': 'ENVO:0010085', '1007001206': 'ENVO:0010084', '1007001205': 'ENVO:0010083', '1007001204': 'ENVO:0010082', '1007000378': 'ENVO:00000377', '1007001202': 'ENVO:0010080', '1007001201': 'ENVO:0010079', '1007001200': 'ENVO:0010078', '1007001599': 'ENVO:02000056', '1007001598': 'ENVO:02000055', '1007001597': 'ENVO:02000054', '1007001596': 'ENVO:02000053', '1007001595': 'ENVO:02000052', '1007001594': 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'ENVO:00000447', '1007000444': 'ENVO:00000444'}

unique_gis

A set containing every GI that was found, considering all sequences combined.

seqenv.ontology module

class seqenv.ontology.Ontology(path=None)

Bases: object

A object that gives you access to the graph (network with nodes and edges) of the ENVO ontology from the OBO file’s path.

Other libraries not used here that could be added:

• graphviz: http://graphviz.readthedocs.org/en/latest/api.html#digraph
• pydot: https://github.com/erocarrera/pydot

add_legend(path)

Input the path to a dot file.

add_style(g)

Input a pygraphviz AGraph object. Outputs a pygraphviz AGraph object.

add_weights(g, weights=None)

Input a networkx DiGraph object. Outputs a pygraphviz AGraph object.

draw_to_pdf(in_path, out_path)

Input a path to a dot file.

draw_with_networkx(g, path)

Input a networkx DiGraph object.

draw_with_pygraphviz(g, path)

Input a pygraphviz AGraph object.

get_subgraph(envos=None)

Given a list of ENVO terms, get the subgraph that contains them all and all their ancestors, up to the root. Outputs a networkx DiGraph object.

goatools

The network loaded into goatools’ format. * https://github.com/tanghaibao/goatools To install: $ pip install goatools

networkx

The network converted to networkx format. Seems like it looses directionality. * https://networkx.readthedocs.org/en/stable/ To install: $ pip install networkx

orange_network

The network converted to orange network format. Doesn’t seem to work until they update PyPI. * https://bitbucket.org/biolab/orange-network/ * http://orange-network.readthedocs.org/en/latest/ To install: $ pip install orange-network

orange_obo

The ontology loaded by the orange library. * http://orange.biolab.si * http://orange-bioinformatics.readthedocs.org/en/latest/ * https://github.com/biolab/orange-bio * https://bitbucket.org/biolab/orange-bioinformatics To install: $ pip install Orange-Bioinformatics

print_test(e=None)

Just a method to see a bit how the different libraries work.

pygraphviz

The network converted to pygraphviz format. * http://pygraphviz.github.io/documentation/pygraphviz-1.3rc1/ To install: $ pip install pygraphviz

write_to_dot(g, path)

Input a pygraphviz AGraph object.

seqenv.outputs module

class seqenv.outputs.OutputGenerator(analysis)

Bases: object

Once the Analysis is done running and all the data is in memory in the form of python objects, this object will take care of generating all the output files the user could possibly want. You pass it the Analysis object obviously.

biom_output(name='samples.biom')

The same matrix as the user gave in the abundance file, but with source information attached for every sequence. See http://biom-format.org

df_sample_names

A dataframe where we operate a matrix multiplication with the abundances file provided, to link samples to concept human readable names.

df_seqs_concepts

A normalized dataframe with sequences as columns and concepts (envo terms) as rows.

dot_files()

Generations of files that can be viewed in graphviz. There is one dotfile per input sequence.

float_format = '%.5g'

list_sequence_concept(name='list_concepts_found.tsv')

A flat TSV file listing every concept found for every sequence. It has one concept per line and looks something like this: - OTU1, ENVO:00001, ocean, 4, GIs : [56, 123, 345] - OTU1, ENVO:00002, soil, 7, GIs : [22, 44]

make_all()

Let’s generate all the files

ontology

The ontology instance (singleton).

output_3()

Possible output #3: the number of terms per OTU OTU1: 0 OTU2: 2 OTU3: 1

sep = '\t'

tsv_samples_to_names(name='samples_to_names.tsv')

A TSV matrix file with matrix above.

tsv_seq_to_concepts(name='seq_to_concepts.tsv')

A TSV matrix file containing the df_seqs_concepts matrix

tsv_seq_to_names(name='seq_to_names.tsv')

A TSV matrix file where we translate the concept to human readable names

Module contents

This module needs Python 2.7.x